Bo42 består organisatorisk af flere niveauer.
For at få et overblik over de organisatoriske niveauer er der udfærdiget et organisationsdiagram.
Organisationsplanen består både af interne og eksterne organer.
Eksterne organer er: Folketinget, ministerierne, kommunen og Beboerklagenævnet.
Interne organer er overordnet følgende niveauer:
Lejer-udlejer forholdet: Repræsentantskabet og bestyrelsen.
Beboerdemokratiet: Afdelingsmøder og afdelingsbestyrelser.
Personalet: Direktør, administration og driftspersonale.